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难以胜任的争斗
杨杰始终认为，自己被免职，并不是学历和能力问题。“可能是得罪人了，总的说是难言之隐。”
杨杰始终没有向媒体透露他得罪了谁，只说是一个权力很大的人。他告诉记者，2004年，自己受聘时，同济曾在报上公开应允给予启动经费1100余万元，支持他建立癌症研究所、神经科学研究所、生物医学工程中心等科研平台的梦想。但到如今只落实了500万经费。
他说，他申请的浦江人才计划一个关于研究肺癌项目的20万研究经费已打到学校财务账上，但却被学校冻结，被告知不得使用。
杨杰说，海归其实是个“弱势群体”。出去2、3年不要紧，但他出去了16年。回来后，在国内他一点关系都没有。“而且我又太坚持原则。”
同济校园论坛上则流传着医学院和生科院院系矛盾的说法。3月26日，一名生科院的学生在论坛上发文说，医学院对生科院得到的投资拨款都看在眼里，还念叨着生科院不出成果，“前一阵子(生科院)和医学院出了不少矛盾。”“只是不在我们所的人大多不知道，杨老板和学部部长闹得多僵。”
在新的医学大楼造好之前，医学院和生科院是独立的两个院系。当这栋造价8000万的大楼将要投入使用时，学校为了合理利用资源，将医学院、生科院进行合并，共同使用这栋大楼。学校为此设立了一个学部，对这两个院系进行协调管理。
一个医学院的老师说，这样就容易产生矛盾了，比如哪些实验室属于医学院，哪些又属于生科院。每个院系都希望自己的实验室多些。
生科院的老院长丁祖泉在2003年退休了。他庆幸自己退休的是时候，那些抢地盘抢资源的事，都没让他遇上。
同济一直以来对医学院都非常重视，投入也很大。至2003年之后，学校开始更注重生命科学的发展。在2003年，学校引进这一领域内的3名中科院院士，同时拨款研究经费1000万。2004年，同济又从美国聘请了杨杰，并应允给予启动经费1100余万元。这些都成了两个院系产生矛盾的背景。
一位熟悉杨杰的老师说，可能杨杰是在国外住的时间太长了，作为一个中国大学里的院长，他不合适处理学校中的人事关系。
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