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他曾到科罗拉多大学(UniversityofColorado)的网站查找，没找到有一个终身教授名叫杨杰。他又到Medline去调查杨杰的论文发表情况，发现杨杰在科罗拉多大学期间也只发表过两篇论文。
之后，他在“新语丝”网站发文写道，希望杨博士能公开其简历和论文发表记录，也希望同济大学能公开杨博士领来的团队成员的名单，“否则我们只好说同济大学的生科院被一个大学术骗子带了一批学术骗子接管了。”
方舟子接受媒体采访时说，对这些质疑，杨杰曾回应要给答复，但此后一直没收到任何消息。
橱窗里的回应
被免职后，杨杰开始以自己的方式做出回应。这些回应仅限于生科院辅楼四楼的走道里———两个长方形橱窗中展示着他曾在《Nature》和《Cell》上发表的论文。
他说，在全球科技学术期刊排名中，《Science》、《Nature》和《Cell》是排在前3位的。任何一名科学家只要在这三者上发表一篇论文，“就能在美国找到一个不错工作。”按其说法，1997年，他在《Science》上发表的论文是该年度引用率第一的。“那篇克隆羊多利的论文才排名第十。”
同时，杨杰的英文履历也登到了网上，以证实自己没有伪造履历。
杨杰说，他从未在履历上写过自己是科罗拉多大学的终身教授。“我发给学校宣传部的英文履历中写的是TENURETRACK，那应该翻译成终身制助理教授，而不是终身教授。宣传部误译了。”
按他的说法，当时上海媒体在进行报道时，并未采访他本人，只是从学校宣传部拿了资料，由此引发了履历造假风波。
4月25日，新华社记者在同济大学人事处调档资料中看到，杨杰本人的应聘资料中所写确为“TENURE TRACK”。
学校党委副书记、副校长周祖翼接受新华社采访时曾提出，杨杰应聘院长时提供给同济大学的简历上，确实有失实之处：杨杰在日本东北大学获得生化博士学位的时间应为1998年，而简历上写的是1993年。
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