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不少老师认为，如果学校的考核与任免制度能够更加透明，也许事情就不会那么复杂了。
匿名信引发再度质疑
杨杰被质疑学术造假，是在2004年。在他看来，这事早已过去。但没想到，被免职后一个多月，这件事又被重新提起。
4月24日，以“学术打假”闻名的方舟子的博客上出现这样一封匿名信。
方舟子先生：
您好！
近日，同济大学正式发文免去了杨杰的生命学院院长职务。杨杰的学历问题曾经受到过新语丝的质疑，后来在同济大学申报博士点过程中，杨杰又因为把别人的文章写成自己的，受到相关人士的举报。但是学校由于处于对主管医学主要领导的面子问题，迟迟不敢处理，最近由于清华大学刘辉事件的原因，终于作出决定，免去杨杰的有关职务。
由于外语学院院长孙建荣(来自美国的一个社区学院)已经被免去职务，至此，当时从美国招聘的两位学院院长已经全部卸任。
一位同济大学生命学院教师
这封信暗示了杨杰是因为学历问题和论文引用出错而被免去院长职务。方舟子并在后面以“方舟子按”方式说明，此事已获相关途径的证实，并附上了此前对其质疑的文章。
次日，北京、上海等地的媒体均刊发了报道，称杨杰被免可能与“造假”有关。
方舟子在文章中称，2004年同济大学聘用杨杰时，曾着重宣传过他在学界的知名地位以及他引进的“具有世界水平的团队”，这引起了他的注意。
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