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进入21世纪，中国的通识教育获得越来越多的关注，很多大学开始身体力行的实践。但是，通识教育面临着三个具有中国特色的难题：一个是大学教育向职业教育看齐，一个是大学教育被中学教育牵制，另一个是大学教育被公共课和专业课分割——这直接导致通识教育任务重、时间少。
有人把通识教育等同于博雅教育，也有人认为通识教育与专业教育相对、博雅教育与职业教育相对。不管两者有无区别，通识教育在中国都要承担博雅教育的任务，因为中国大学正在成为职业学校。上大学与将来的工作直接相关，就业率成为大学的紧箍咒，教育主管机构据此分配招生名额，学生据此决定是否报考。各个方向的压力，促使大学的专业教育变成职业教育。
2008年1月，一位上海市政协委员向市政协递交提案，建议实现职业教育与普通高校学分互认，他认为：“高校毕业生目前就业困难，很大一个原因是他们在校学习理论多而职业培训少，与社会所需相脱节。”在专业教育和职业教育没有区分的情况下，通识教育和博雅教育也无法完全分开。
通识教育在大学的困境，一方面与职业教育的趋势有关，另一方面又与中学教育有关。在中学就文理分科的学生，到了大学进行通识教育，就像一个人被一分为二，再要被缝合起来，再高明也会留下痕迹。
中学教育的悖论在于：一方面强调分科，另一方面又严禁偏科。中学科目等级森严，由于高考、就业等因素，理科被认为比文科高出一等；分科之后，高考科目被视为主科、属于重中之重，非高考科目则是副科、无足轻重；文理科都无需考试的科目，几乎被看作零。因此，语数外是绝对的第一集团，其次是物理、化学、历史、地理等，音体美则是可以忽略的。
吊诡的是，这种分科又不允许学生培养自己的爱好，因为那有偏科之嫌。一名中学生，熟练掌握英语却对音乐一窍不通，没有谁会认为他偏科，对音乐了如指掌却不懂英语，那就是绝对的偏科。偏科这个说法，本身就是建立在分科的等级制上。
学生带着这种畸形的知识结构进入大学，指望通识教育对此进行修复，谈何容易。更何况，通识教育和公共课又在时间上构成冲突。对于大学生来说，通识教育不是专业课，与以后的就业没有直接关系，是另一种公共课。既有的公共课已经占用大量课时，通识教育再使用部分课时，扣除大四求职时间，大学期间用来进行专业教育的时间就极为有限了。
在通识教育的实践中，最常见的做法是文科学点理工科、理工科学点文科，于是文科学生要读高等数学、高等物理，理工科学生要读大学语文。奥运冠军刘璇，在北京大学新闻学院读书，却因为高等数学险些无法毕业。这种事倍功半的通才教育，是对通识教育的误解。
通识教育的培养目标不是百事通，而是成熟的社会公民。所以，通识教育的课程不是从各个学科分别抽出一门拼凑在一起就可以，而是要有专门设计。即使有交叉，教学方法也应有所区别，例如通识教育中涉及到法治理念的问题，跟法律系的专业课程就不能等同。
英国教育家纽曼曾经作过一个大胆假设：如果把重要的学科排除在大学课程之外，致使真理的事业蒙受损失，那么学生所遭受的损失也断然不会少，因为学生从大学里获得的主要才智收获，并不主要来自他对所选具体知识分支的学习，而是更多来自生活于洋溢着普遍知识的氛围之中。这个假设当然不可能变成现实，但是纽曼提醒我们，课程仅仅是大学生获得知识的来源之一，重要的是大学氛围，所以，他极力反对非寄宿制大学。
通识教育同样如此，课程所能提供的非常有限。从这个角度来说，复旦大学的通识教育让不同专业、不同地域的同学交叉居住，这种尝试就很有意义，这决不仅仅是宿管制度的变革。
除此之外，通识教育还需要更多的空间，学生不仅在课堂，只要进入大学就能处于一种通识教育的氛围之中，比如大学图书馆应该专门开设通识教育的分馆，集中陈列适合这一阶段学生阅读的图书，与研究型图书馆区别开来，后者收藏的主要是原始资料和研究型著作。同时，师生之间还应该有比较充分的非课堂交流时间，课堂交流是“言传”，非课堂交流则是“身教”。
在“中国式难题”无法解决的情况下，需要进一步开拓通识教育的空间和时间，不能寄希望于开设几门课程就能解决问题。
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