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作为教育部研究生培养机制改革的试点高校，浙大此次改革旨在建立以科研为导向的研究生培养模式、导师负主责的研究生培养机制，在奖助体系上更加侧重激发研究生的创新热情和创新实践，并扩大学院和导师在研究生选拔、培养研究生上的自主权。 新的研究生培养机制改革方案规定，导师指导研究生应保持合理规模，保证有充分的精力培养每位研究生。硕士生导师每年招收研究生一般不超过3人，博士生一般不超过2人，包括免试生、直博生、提前攻博生等。院士和长江学者、求是特聘教授、优博论文导师可适当增加名额。从2008年春季开始，列入今年浙大招生目录的两院院士、长江特聘教授、国家杰出青年基金获得者、优博论文(含提名奖)指导老师等约120名博导，可以以自主招生形式招收1名博士研究生。 而在研究生奖助体系中，也将打破以往“大锅饭”、“一刀切”的形式，依据研究生的学业基础、培养潜质、综合表现及经济条件进行分配。今后，100%的非在职博士生可获得一等基本助学金，冲抵全额培养费；90%的非在职硕士生可获得一等、二等助学金，冲抵全额或半额培养费，其等级在研究生复试时申请并确定。 研究生入学后，还可申请岗位助学金用于生活费，包括研究生通过承担研究助理、教学助理和管理助理等工作获得岗位酬金。学校每年面向研究生设立220个固定助管岗位和375个助教岗位。70%至90%的硕士研究生可以获得助研经费，一、二、三等奖分别为每年9600元、8400元、7200元左右。博士研究生可获得一、二、三等奖分别为每年18000元、14400元和12000元左右。
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