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从2008年9月起，南开大学将实施研究生培养机制改革，以新的奖助学金体系代替原有的公费、自费研究生培养制度。在学全日制博士生、硕士生可通过申请优秀奖学金和各类助学金获得培养费和生活费。
届时，南开大学65%的硕士研究生、100%的博士研究生每年都将获得由学校提供的不同等级的奖学金(含研究生培养费和生活费)。其中两年制硕士研究生三个等级的奖学金分别为每年1.43万元、1.31万元和1.19万元；三年制硕士研究生三个等级的奖学金分别为每年1.18万元、1.06万元和0.94万元；博士研究生四个等级的奖学金分别为每年2.16万元、1.92万元、1.68万元和1.2万元。
第一学年，研究生奖学金的评定主要依据其入学的初试和复试成绩来确定，推荐免试研究生最低享受二等奖学金。第二和第三学年则根据研究生的综合表现，每年重新评定一次奖学金。享受研究生奖助学金的时间仅限于基本学制期限内。
除了奖学金外，南开大学研究生还可申请助研、助管、助教三类岗位津贴的助学金。助研津贴主要面向博士研究生，全部由导师科研经费提供。旨在鼓励他们通过参加导师承担的科研项目提高研究水平能力，额度从每月80元至200元不等。此外，导师有权根据硕士研究生参与科研项目情况，给他们提供适当数额的科研津贴。助管津贴面向硕士研究生，分为每月150元和每月300元两个等级。助教津贴面向博士研究生，每月400元。
南开大学研究生院李靖副院长表示，以前将研究生分为计划内和计划外的方式是固态的一考定终身，不利于激励计划内的学生继续保持学习和研究的热情，也没有给入学时成绩略逊一些的计划外学生以奋发的动力。现在实施的奖助学金制度则是给每名学生争取更高等级奖助学金的机会。而奖助学金覆盖面的扩大也可以让学生全身心地投入到学习中。这也与国际上通行的奖助学金制接轨。
此外，南开大学要求招收博士研究生的导师都要有科研项目，能够为研究生提供助研岗位，并从科研经费中划拨助研津贴，这一方面加强了导师对学生的指导作用，另一方面也使研究生能够参与到高层次的科研中，提高科研能力。
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