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最新出版的《中国高等教育评估》杂志刊登了中国管理科学研究院武书连、吕嘉、郭石林的《2006中国大学研究生院评价》。中国科学院研究生院、中国社会科学院研究生院、清华大学研究生院、北京大学研究生院等18所研究生院入选中国一流研究生院。中国科学院研究生院列全国自然科学第一名，中国社会科学院研究生院列全国社会科学第一名。
2006年度中国一流研究生院的标准与上三年相同，即：在中国研究生院评价中，获得工学前7名、理学前4名、医学前3名，农学前2名、管理学前3名、文学前3名、经济学前2名、法学前2名、历史学、教育学、哲学第1名的研究生院。中国一流研究生院各学科的入选数量根据各学科门的博士生导师数量和开设该学科的院校数量确定。
天津大学研究生院以工学第六名首次进入中国一流研究生院。中国一流研究生院总数由上年的17所上升到今年的18所。各学科名次变化如下。
工学：浙江大学从第四名上升到第三名，上海交通大学由第三名下降到第四名。天津大学上升到第六名，华中科技大学由第六名下降到第七名。西安交通大学跌出前七名。最近三年，浙江大学与上海交通大学争夺工学第三名日趋激烈。
医学：北京大学由第二名上升到第一名，中国医学科学院(中国协和医科大学)由第一名下降到第二名。
法学：中国人民大学上升到第二名，上年度第二名中国社会科学院跌出前两名。
文学：南京大学上升到第三名，复旦大学跌出前三名。
文章写道：在众多的科研机构中，中国科学院研究生院、中国农业科学院研究生院、中国医学科学院研究生院、中国社会科学院研究生院占有重要的位置，分别是理农医和人文社科的第一名。可是最近几年这些著名科研机构的研究生教育与大学相比所占分量逐年减少。一个突出的例证是以前公认的医学第一名中国医学科学院(中国协和医科大学)的医学已经落后于北京大学。另外，中国农业科学院在农学中的领先优势也在逐渐丧失。上年的法学第二名中国社会科学院被中国人民大学取代。只有中国科学院依然保持强劲的发展趋势。就高校和科研单位而言，一方面，高等学校因大量招收研究生，导致合格师资数量不足，导师用于指导研究生的时间太少。另一方面，我国的科研机构拥有众多合格师资，但每年的招生名额却比较少。因此，应充分挖掘社会稀缺的优质师资的潜力，加大科研单位招收研究生的数量，尽快使科研单位合资格师资人均指导研究生的数量与高等学校相同。
2006中国一流研究生院名单(共18所)
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中国科学院研究生院 |
理学第一名、工学第二名 |
中国社会科学院研究生院 |
经济学第一名、哲学第一名、历史学第一名、文学第二名 |
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清华大学研究生院 |
工学第一名、管理学第二名 |
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中国农业科学院研究生院 |
农学第一名 |
北京大学研究生院 |
医学第一名、文学第一名、法学第一名、理学第二名 |
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西安交通大学研究生院 |
管理学第一名 |
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北京师范大学研究生院 |
教育学第一名 |
中国医学科学院研究生院 |
医学第二名 |
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中国人民大学研究生院 |
法学第二名、经济学第二名 |
中国农业大学研究生院 |
农学第二名 |
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浙江大学研究生院 |
工学第三名、管理学第三名 |
南京大学研究生院 |
理学第三名、文学第三名 |
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中国科学技术大学研究生院 |
理学第四名 |
复旦大学研究生院 |
医学第三名 |
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上海交通大学研究生院 |
工学第四名 |
哈尔滨工业大学研究生院 |
工学第五名 |
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天津大学研究生院 |
工学第六名 |
华中科技大学研究生院 |
工学第七名 |
《中国大学评价》课题组认为，通常情况下，在科研单位就读研究生，不仅能得到导师更多时间的指导，而且由于科研单位生师比较低，又没有本科教学工作量，导师和学生都可以全力投入科学研究，与大学相比较，更容易出成果。因此建议考生，虽然科研机构在研究生教育中的比重不高，但上述优势短期难以改变，如果有条件，应考虑到科研单位就读研究生。
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