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在开学的第三天，也就是9月5日，上海市虹口区第三中心小学陆续有100多名师生出现发热、腹泻、腹部不适等症状。到9月7日，据学校估计，约有300多人住院。经初步认定，可能是因食物中含有痢疾杆菌所致。卫生部门从该校食堂9月4日、5日的午餐的食品样品中发现检测出了这种病菌。而在同一天，上海卢湾区三好中学也发生了类似的一起40名师生食物中毒事件。中毒原因同样可能是由学校食堂提供的不洁食物引起的。
虹口区第三中心小学袁晓东老师说，从5日上午，一些班级发现有学生出现发烧的症状，当时由于人数较少，没有引起老师和学校的注意，只是通知了有发烧症状孩子的家长。到中午11时，生病的孩子越来越多，这时，学校开始引起警觉，猜测是否因为食物或水源不洁引起学生生病。到晚上，已有100多师生住进了上海市第四人民医院。
6日，学校通过广播通知了在校学生注意，一旦发生身体不适，立刻前往医院就诊。并发给每个学生《给家长的一封信》：“本校近日发生菌痢，为了保证学生健康，区卫生部门将于明天（9月7日）对学校进行全面消毒。经研究决定九月七日（星期五）全校调课一天。”“为做好预防工作，我们希望家长配合做好以下工作：1、从今天开始学生家长按医生要求服用黄连素药片。2、家长发现子女有高烧、腹泻等症状即送医院诊治。目前市一医院分院（原第四人民医院）有专家负责诊治。”在6日学校供应的午餐，食品换成面包，饮用水是买来的瓶装矿泉水。
但有家长表示，既然在5日已经发现大面积的可能是食物中毒的情况，应该及时通知，好让家长提前采取措施。一些家长由于没有得知学校及时的通知，对孩子发烧、腹泻等症状只以为是感冒，结果在只治疗中走了弯路，药不对症、延误治疗。而该校三年级某班的一位不愿意透露姓名的学生家长的遭遇更是离奇。他说，直到在6日下午他去学校接孩子回家时，他都没有知道学校了这么一件大事。当看到该班教室里只有一半的学生在玩耍，一向早来接孩子的这位家长感到很奇怪：莫非现在可以提前来接孩子？于是就问班主任：“现在什么时候可以接孩子？”班主任并没有对他说明任何关于食物中毒导致一些学生不能上课的情况。回到家，孩子出现头晕，家长这才打电话问其他家长学校的情况，这才知道学校发生大面积食物中毒的事件。于是赶忙把孩子送往附近的医院。这位家长责问，学校为何不早点通知家长，假如延误治疗怎么办？袁晓东说：那天晚上，所有能够工作的老师都在医院照顾孩子，并无精力来通知其他家长。关于家长不肯说出孩子名字的原因是害怕老师将来打击报复，“毕竟还有3年时间在老师手下学习”。
目前，由医疗专家组成的小组对在5所医院作留院观察、住院治疗的师生进行了查房，未发现重度中毒病例，卫生系统也已采取措施，对未发病的师生采取防治性服药措施。
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