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为了进一步落实高校依法自主办学权，充分调动导师的积极性，提高研究生教育水平，教育部领导积极支持上海市率先进行研究生教育整体改革试点，在调整教育结构和实现制度创新上加大改革力度，实施招生与考试、培养模式和收费上学等制度的创新，以加快研究生教育高质量的发展。目前，全市在读研究生共有３２０００多名，其中硕士生２５０００名、博士生７０００多名。
各高等院校和科研机构以“解放思想、实事求是”的精神，根据教育规律和社会经济发展的趋势，按照有利于加快选拔高层次人才、有利于全面实施素质教育、有利于促进本科教育教学改革的原则，以“保证质量、注重素质”为指导思想，积极探索新的招生与考试制度改革。具体措施有：各培养单位自筹经费部分招生规模报上海市教育委员会汇总以后，报教育部核定；政治和外语参加全国统考，并服从国家规定的单科分数线。在保证质量的前提下探索其它科目的考试制度；录取时强调考生的综合素质，同时参照文化课考试成绩，发挥导师在录取工作中的作用；加大应届本科毕业生直升研究生的比例，同时为了避免“近亲繁殖”和考生录取机会，限定直升到本校的比例和每个专业招收直升生的比例。
为探索研究生培养的新模式，各培养单位应着眼素质教育，确保培养质量，提高硕士生的基础知识和教育效益，提高博士生的培养要求和科研能力。具体措施包括：各培养单位可自行决定采用本科毕业生直接攻读博士生或硕士生提前攻博等培养方式；实行弹性学制，硕士生学习年限不少于２年，博士生学习年限不少于３年；加强交流与合作，建立开放的研究生培养体系，鼓励培养单位间互相承认学分。
根据非义务教育的教育成本合理分担原则，上海实施研究生教育“奖、贷、助、免”等并举的措施，既培养研究生的爱岗敬业品格和艰苦奋斗精神，又推动研究生教育从观念到制度上的改革。在国家有关部门尚未对研究生收费正式立项的情况下，上海市积极探索自筹经费研究生的收费试点，为今后全面实施研究生收费上学积累经验。从２００２年起，各培养单位在制订招生计划时，对于热门专业实施计划内招生名额调控，增加计划外自筹经费招生比例。同时，各单位切实采取“奖、贷、助、免”等措施，加大奖学金的力度，设立助教、助研和助管岗位，不断完善助学贷款工作，确保研究生入学后有经济来源完成学业。
目前，复旦大学、上海交通大学、同济大学、中科院上海分院等高等学校和科研单位正逐步建立和完善研究生教育的质量保障体系，严格对研究生教学质量、学位论文评审、导师敬业精神和学术水平的监管，加强导师对研究生培养质量把关的责任意识。上海市教育委员会将加大教学质量和学位论文评审的力度，并将结果向社会公布，共同促进研究生教育事业的发展。
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